En fonction du système principal utilisé, certains boutons du HOTAS provoquent des actions différentes.

Les principaux systèmes :
TAD : Affichage de la situation tactique / la carte (Tactical Awareness Display)
TGP : Pod de désignation (Targeting Pod)
HUD : Affichage tête haute (Heads Up Display)
AIM-9 : Missile air-air
MAV : AGM-65 Missile air-sol (MAVERICK)

Aussi, certains boutons ont des fonctions différentes si l’appui est court ou long.